Ραγδαίες εξελίξεις φαίνεται να προκαλεί η υπόθεση με τις καταγγελίες των δυο οικονομικών εισαγγελέων Γρηγόρη Πεπόνη και Σπύρου Μουζακίτη, οι οποίοι φέρονται να έχουν κατονομάσει τον Υπουργό Δικαιοσύνης Μιλτιάδη Παπαϊωάννου, ως ένα από τα πρόσωπα που ήρθαν σε επαφή μαζί τους, κατά τη διερεύνηση υπόθεσης, μια επαφή που οι ίδιοι θεώρησαν παρέμβαση στο έργο τους.
Ο αντιεισαγγελέας του Αρείου Πάγου Φώτης Μακρής, ο οποίος εισηγείται να μπει εκ νέου η υπόθεση στο αρχείο, αναφέρει στο πόρισμά του ότι, στην υπόθεση των CDS, ο Υπουργός Δικαιοσύνης Μιλτιάδης Παπαϊωάννου ήταν μεταξύ εκείνων που επικοινώνησαν με τους δυο εισαγγελείς, και τους ζήτησαν να είναι σύντομοι στη διερεύνηση της υπόθεσης, λόγω της σοβαρότητας της. Κρίνει ωστόσο ότι η ενέργεια αυτή ήταν νόμιμη.
Παρά τις εκτιμήσεις του αντιεισαγγελέα του Αρείου Πάγου ωστόσο, η αναφορά στο όνομα του Μιλτιάδη Παπαϊωάννου έχει προκαλέσει πολιτικές αντιδράσεις από τον χώρο της αντιπολίτευσης, καθώς επισημαίνεται ότι δεν είναι δυνατό ο Υπουργός Δικαιοσύνης να παραμένει στη θέση του, και να μην έχει υποβάλλει ακόμη την παραίτησή του. Ή, να μην του έχει ζητηθεί από τον πρωθυπουργό, για λόγους ευθιξίας.
Απ’ την άλλη, η υπόθεση Παπαϊωάννου είναι εξαιρετικά πιθανό να αποτελέσει τη σταγόνα που ξεχείλισε το ποτήρι, και να οδηγήσει τον Λουκά Παπαδήμο στην απόφαση να προχωρήσει σε ανασχηματισμό της κυβέρνησής του. Ώστε να βρεθεί εκτός σχήματος και ο Μιλτιάδης Παπαϊωάννου.
